В рамках федеральной целевой программы «Обеспечение ядерной и радиационной безопасности» удалось укрепить плотины Теченского каскада водоемов и создать общесплавную канализацию, которая позволила не сбрасывать каждый год в водоем до 5,5 млн кубометров воды. Озеро Карачай, на дне которого хранятся отходы радиоактивного производства, к концу 2015 года планируется полностью засыпать. Также пристальное внимание было уделено системе мониторинга состояния водоемов.
Также в рамках программы был создан комплекс по переработке жидких и твердых отходов, решены вопросы рекультивации земель, зараженных радиацией в результате деятельности предприятий ядерного комплекса, и расселения жителей поселка Муслюмово, вблизи которого в 1957 году произошла авария на заводе по добыче плутония «Маяк».
По словам Сергея Кириенко, с января 2016 года планируется старт программы безопасности-2. В настоящее время ведется ее доработка.